Kontrola z urzędu skarbowego w firmie – jak się przygotować?

Dla wielu przedsiębiorców kontrola z urzędu skarbowego to jedno z bardziej stresujących doświadczeń w prowadzeniu firmy. W praktyce jednak sama kontrola nie musi oznaczać poważnych problemów. Bardzo często jest to standardowa procedura weryfikacyjna, do której da się dobrze przygotować.
Warto przy tym pamiętać, że przedsiębiorców kontrolują dziś organy Krajowej Administracji Skarbowej. W zależności od sprawy może to być kontrola podatkowa prowadzona przez urząd skarbowy albo kontrola celno-skarbowa prowadzona przez urząd celno-skarbowy. To ważne rozróżnienie, bo obie procedury rządzą się nieco innymi zasadami.
W tym artykule pokazujemy, jak przygotować firmę do kontroli, jakie dokumenty warto mieć uporządkowane oraz jakie prawa i obowiązki ma przedsiębiorca w trakcie czynności kontrolnych.
Czy każda firma będzie kontrolowana przez urząd skarbowy?
Nie. Organy skarbowe nie kontrolują każdej firmy, a w praktyce bardzo wiele spraw kończy się wcześniej — na etapie czynności sprawdzających, wezwania do złożenia wyjaśnień albo prośby o przekazanie konkretnych dokumentów. KAS od kilku lat wyraźnie podkreśla, że coraz większy nacisk kładzie na analitykę danych i czynności sprawdzające, a kontrole są kierowane głównie tam, gdzie ryzyko nieprawidłowości jest wyższe.
Nie da się stworzyć jednej oficjalnej listy przypadków, które „na pewno” wywołają kontrolę, ale w praktyce większe zainteresowanie organów mogą wzbudzać m.in.:
- istotne rozbieżności w rozliczeniach,
- nietypowe wahania przychodów, kosztów lub rentowności,
- wysokie zwroty albo odliczenia VAT,
- rozbieżności między deklaracjami, ewidencjami i dokumentami źródłowymi,
- niezgodności wykryte w analizie plików JPK lub innych danych raportowanych do administracji skarbowej.
Dlatego warto regularnie przeglądać własne rozliczenia, zamiast czekać na pierwsze pytania z urzędu.
Co urząd sprawdza w pierwszej kolejności?
Na początku organ zwykle chce ustalić, czy dane wykazane w deklaracjach i ewidencjach są spójne z dokumentacją firmy. W praktyce oznacza to porównanie plików JPK, rejestrów VAT, ksiąg, faktur, wyciągów i innych dowodów księgowych.
Jeżeli firma prowadzi księgi lub ewidencje elektronicznie, organ może zażądać przekazania określonych struktur JPK na żądanie. Dotyczy to m.in. JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_PKPIR czy JPK_EWP. Przekazanie tych plików może nastąpić w trakcie czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej albo postępowania podatkowego.
W praktyce kontrolujący najczęściej zaczynają od odpowiedzi na kilka podstawowych pytań:
- czy przychody i koszty są prawidłowo udokumentowane,
- czy ewidencja VAT zgadza się z fakturami,
- czy zatrudnienie i rozliczenia pracownicze są spójne z dokumentami ZUS i PIT,
- czy środki trwałe są poprawnie ujęte i amortyzowane,
- czy przepływy finansowe mają uzasadnienie gospodarcze.
Jakie dokumenty warto mieć przygotowane?
Zakres dokumentów zależy od rodzaju działalności i przedmiotu kontroli, ale są obszary, które wracają najczęściej.
Księgowość i rozliczenia VAT
W pierwszej kolejności warto uporządkować:
- księgi rachunkowe lub podatkowe,
- ewidencję sprzedaży i zakupów VAT,
- pliki JPK składane cyklicznie oraz pliki JPK możliwe do przekazania na żądanie,
- faktury sprzedażowe i zakupowe,
- korekty, noty i inne dokumenty wpływające na rozliczenia.
Dziś przedsiębiorca zamiast odrębnej deklaracji VAT-7 lub VAT-7K i odrębnego JPK_VAT przesyła jeden plik JPK_VAT z deklaracją. Z kolei takie struktury jak JPK_KR czy JPK_MAG są co do zasady przekazywane na żądanie organu.
Dokumenty pracownicze
Jeżeli firma zatrudnia pracowników lub współpracowników, warto mieć łatwo dostępne:
- umowy o pracę, zlecenia i B2B,
- ewidencję czasu pracy, jeśli jest wymagana,
- dokumenty zgłoszeniowe i rozliczeniowe do ZUS,
- dokumenty związane z zaliczkami na PIT,
- listy płac i inne dokumenty potwierdzające rozliczenia.
Środki trwałe i amortyzacja
W przypadku firm posiadających środki trwałe lub wartości niematerialne i prawne istotne są:
- ewidencja środków trwałych,
- dokumenty nabycia lub wytworzenia,
- przyjęcie do używania,
- zastosowane stawki amortyzacyjne,
- dokumentacja likwidacji, sprzedaży lub ulepszeń.
Magazyn i obrót towarem
Jeżeli działalność obejmuje magazyn, handel lub produkcję, dobrze przygotować:
- ewidencję magazynową,
- dokumenty przyjęć i wydań,
- inwentaryzacje,
- dokumenty potwierdzające ubytki, straty i reklamacje.
Co warto sprawdzić jeszcze przed kontrolą?
Najlepiej potraktować przygotowanie do kontroli jak wewnętrzny przegląd porządku w firmie.
Na tym etapie warto:
- sprawdzić poprawność ostatnich rozliczeń,
- porównać ewidencje z dokumentami źródłowymi,
- zweryfikować, czy firma jest w stanie wygenerować wymagane pliki JPK,
- uporządkować dokumenty według okresów i kategorii,
- wyznaczyć osobę odpowiedzialną za kontakt z organem,
- ustalić, kto w firmie ma prawo udzielać wyjaśnień i przekazywać dokumenty.
Dobrą praktyką jest też wcześniejsze przejrzenie JPK_VAT z deklaracją i innych rozliczeń za ostatnie okresy. Jeżeli firma sama znajdzie błąd, łatwiej przygotować wyjaśnienie albo korektę, zanim problem zostanie wskazany przez organ.
Jak wygląda rozpoczęcie kontroli?
W przypadku kontroli podatkowej przedsiębiorca co do zasady powinien zostać wcześniej powiadomiony o zamiarze jej wszczęcia. Kontrola może rozpocząć się nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia, chyba że przepisy przewidują wyjątek albo przedsiębiorca zgodzi się na wcześniejsze rozpoczęcie. Sama kontrola podatkowa rozpoczyna się z reguły przez doręczenie upoważnienia i okazanie legitymacji służbowej.
W praktyce po rozpoczęciu kontroli warto:
- wskazać miejsce pracy dla kontrolującego,
- zapewnić dostęp do dokumentów objętych zakresem kontroli,
- ustalić jeden kanał komunikacji,
- zadbać, by odpowiedzi były rzeczowe i spójne.
Podatnik ma obowiązek współpracować z organem i — w miarę możliwości — zapewnić kontrolującemu warunki do pracy, w tym samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów.
Jakie prawa ma przedsiębiorca w trakcie kontroli?
Kontrola nie oznacza, że przedsiębiorca traci wpływ na przebieg sprawy. Ma konkretne prawa, z których warto korzystać.
Przede wszystkim przedsiębiorca może działać przez pełnomocnika lub korzystać ze wsparcia księgowego, doradcy podatkowego albo prawnika. Ma również prawo znać zakres kontroli, zapoznać się z aktami sprawy, składać wyjaśnienia i przedstawiać dowody. Po zakończeniu kontroli i doręczeniu protokołu może wnieść zastrzeżenia lub wyjaśnienia w terminie 14 dni.
Czego lepiej nie robić w trakcie kontroli?
Najwięcej problemów w praktyce nie wynika z samego błędu podatkowego, ale z chaosu organizacyjnego. Dlatego nie warto:
- przekazywać dokumentów bez ewidencji, co zostało udostępnione,
- udzielać pochopnych odpowiedzi bez sprawdzenia danych,
- dopuszczać, by różni pracownicy składali sprzeczne wyjaśnienia,
- ignorować terminów wyznaczonych przez organ,
- zakładać, że „jakoś to będzie”, jeśli dokumentacja jest niekompletna.
Jeżeli odpowiedź wymaga sprawdzenia danych, lepiej powiedzieć, że firma przygotuje ją na podstawie dokumentów, niż odpowiadać z pamięci.
Podsumowanie
Kontrola skarbowa w firmie nie musi oznaczać kryzysu. Najczęściej jest po prostu testem tego, czy dokumentacja, rozliczenia i procesy w firmie są uporządkowane. Im lepiej przygotowane są księgi, ewidencje, pliki JPK i dokumenty źródłowe, tym spokojniej przebiega cała procedura.
Najlepszym przygotowaniem do kontroli nie jest improwizacja tuż przed wizytą urzędu, ale stały porządek w dokumentach, regularna weryfikacja rozliczeń i jasny podział odpowiedzialności w firmie. To właśnie te elementy zwykle decydują o tym, czy kontrola przebiegnie sprawnie.


